با سلام .
وقتیکه هارد دیسک Zero Fill میشه (با نرم افزاری که گفتید) کلیه اطلاعات ذخیره شده از بین میره از جمله ویروس پس فکر نمیکنم مشکلی که الان دارید به خاطر ویروس باشه .
راهکارهای پیشنهادی :
1. یه ویندوز دیگه ای رو تست کنید . البته در مرحله انتخاب پارتیشن جهت نصب ویندوز ، CMD رو اجرا کنید و با استفاده از diskpart و اجرای دستور clean کلیه پارتیشنهای مربوط به این هارد دیسک رو خذف و مجدداً پارتیشن بندی کنید .
2. تست روی سیستم دیگه بعنوان هارد دیسک غیر ویندوزی و بررسی .S.M.A.R.T با استفاده از برنامه HD Tune Pro (از قسمت Health) . البته میتونید در همان CMD که قبلاً باز کرده بودید بترتیب دستور wmic و diskdrive get status رو وارد کنید و ببینید OK میده یا خیر . اگر OK نداد مشخص هست که هارد دیسک مشکل داره .